Η Σχολή Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων ιδρύθηκε στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας στο πλαίσιο του σχεδίου για την αναδιάρθρωση των Ιδρυμάτων Ανώτατης Εκπαίδευσης «ΑΘΗΝΑ», με το Π.Δ. 88 άρθρο 3, ΦΕΚ 129/5-6-2013 τ. Α'.
Απαρτίζεται από δύο Τμήματα:
Το Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων, του οποίου η λειτουργία ξεκίνησε το 1985
Το Τμήμα Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής, το οποίο ιδρύθηκε το 1990
Ο πρώτος Κοσμήτορας της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων, μέχρι τις 30-11-2017 ήταν ο κ. Δημήτριος Σουμπενιώτης, Καθηγητής του Τμήματος Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων.
Από 1-12-2017 έως 31-8-2020, Κοσμήτορας της Σχολής Επιστημών Διοίκησης Επιχειρήσεων είναι ο κ. Χρήστος Νεγκάκης, Καθηγητής του Τμήματος Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής και Διευθυντής των Μεταπτυχιακών Προγραμμάτων του Τμήματος.